中山大学第一附属医院临床科室科目繁多，其中肾内科、普外科和神经内科等3个学科为国家重点学科，妇产科、儿科、泌尿外科、耳鼻咽喉科和内分泌科等8个学科为省重点学科，器官移植中心、生殖医学中心、脑外科等学科成为本院学科建设的新亮点。医技科室有影像医学部(含放射科、核医学科、超声科等3个科)、医学检验部、医学实验中心、药学部、内镜科、高压氧科、营养科、手术室、输血科等12个科室。
广东省器官移植中心、广东省心脑血管病防治办公室、世界卫生组织(WHO)康复中心等社会医疗组织都设在该院。还有华南地区建立最早、规模最大的高压氧仓、规模庞大的血液净化治疗中心、全国规模最大的体外反博治疗中心和腹膜透析中心，以及各种重症监护病房，为抢救治疗各种危重病人提供了可靠的的保证。
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特色专科 ：肝胆外科 血管外科 肛肠外科 心胸外科 消化内科 骨科 器官移植 肾内科 神经科
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