上海市儿童医院的前身是“难童医院”，由我国著名儿科专家富文寿、中国现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈创建于1937年。院名、院址历经变迁，于1954年与上海市儿童保健院合并更名为上海市儿童医院，2003年3月又正式成为上海交通大学附属儿童医院。这里曾经孕育了一批蜚声国内外的儿科专家，是中国现代小儿外科的发祥地之一；是上海交通大学医学院博士点及博士后流动站；先后成为复旦大学上海医学院、第二军医大学、同济大学的教学医院；拥有一批重点学科，是一所集医疗、教学、科研、保健、康复于一体的三级甲等综合性儿童医院；是上海市文明单位。
医院核定床位300张，年平均门诊量70余万人次、住院病人每年万余人次。专业设置齐全，主要有儿内科（新生儿、呼吸、消化、血液、肾脏、神经、内分泌、心血管内科、感染）、儿外科（普外、新生儿外科、泌尿外科、骨科、胸心外科、神经外科）、病理科、检验科、影像科、麻醉科、中医科、五官科、皮肤科、口腔科。设有在国内外颇有影响的上海医学遗传研究所；有全市儿童保健机构上海市儿童保健所及儿童营养研究室；还设有上海市儿童急救中心、上海市儿童康复中心、上海市儿童听力障碍监测与康复中心等。
全院职工700余名，拥有中国工程院院士1名，博士生导师3名，硕士生导师12名，高级职称以上专家近90名。医院还拥有一批全国“五一”劳动奖状先进集体、全国先进工作者、全国“五一”劳动奖章获得者、上海市劳动模范、上海市先进女职工标兵等优秀医务人员。
上海市儿童保健所是全市儿童保健业务指导中心，开设营养性疾病的咨询与诊治，口腔保健，听力及弱视筛查，智力测试，智力低下和学习困难门诊等。上海市儿童康复中心，主要收治脑炎后遗症、神经性偏瘫、视神经萎缩、各类型小儿脑瘫和心肌炎等各种原因引起的运动功能障碍及缺血缺氧性改变的患儿。新生儿筛查中心承担全市新生儿各项筛查项目。
从1954年起，医院先后承担原上海第二医科大学、复旦大学医学院、第二军医大学、同济大学医学院等4所医学院校本科生教学及实习生带教工作；同时还担负着同济大学护理系、职工医学院护理系大专生及上海市卫生学校、护校等中专生的带教任务。每年举办国家级、市级继续教育学习班十余期。
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